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通常以请求具有股东资格一方/否认股东身份一方为原告，以公司为被告，其他利害关系人可列为第三人。
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股东资格的认定
最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（三）（2020修正）第二十一条：
“当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。”
新公司法对股东资格的认定，采取"实质出资+形式公示"的双重标准。
形式要件包括：“签署公司章程、股东名册、工商登记等”
实质要件包括：“出资、行使股东权利、公司重大决策等”
在实际运营中，因为公司管理不规范等原因，上述要件通常不能完全具备。因此，法院往往会优先认定形式要件，在形式要件均缺失的情况下，再认定实质要件。
此外，2025年2月10日实施的《公司登记管理实施办法》第十一条确立了强制公示制度，要求股东认缴和实缴信息需在二十个工作日内通过国家企业信用信息公示系统公示，其实质就是在强化登记信息的公信力。
案件来源：最高人民法院 (2020)最高法民终1178号
股份有限公司有为股东签发股票、制备股东名册的义务，股票是股东持有公司股份的凭证。股东取得完整无瑕疵的股东资格和股东权利，需要符合出资等实质要件和对股东出资的登记、证明等形式要件。投资人向公司认购股份后，具备了成为公司股东的实质要件，但股东权利和股东资格的取得还要经过一定外在形式予以公示，公示以后才能确保权利的顺利行使。金一公司虽然支付了股份认购款，但是认购股份未进行登记公示，不能享有完整的股东权利。
案件来源：上海市青浦区人民法院 (2024)沪0118民初24370号
上述要件须综合分析，并考虑当事人实施民事行为的真实意思表示来判断股东资格具有与否，具有某种特征并不意味着股东资格的必然成立。具体到本案，根据工商登记资料显示，原告持有某某公司49%的股权，但工商登记仅是一种证权性登记，仅具有对抗善意第三人宣示的证权功能，其本身没有创设股东资格的效力。
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管辖
《中华人民共和国民事诉讼法》（2023修正）第二十七条：
“因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。”
最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释第三条：
“法人或者其他组织的住所地是指法人或者其他组织的主要办事机构所在地。法人或者其他组织的主要办事机构所在地不能确定的，法人或者其他组织的注册地或者登记地为住所地”。
股东资格确认纠纷为确认之诉，应根据所请求确认的股权价值缴纳案件受理费及确定级别管辖，在无其他证据证明股权实际价值的情况下，可以根据当事人约定的股权价值确定案件的级别管辖。确认之诉不受时效期间限制。
案件来源：最高人民法院 (2017)最高法民辖终64号
本案中，双方当事人对案涉股权的价值存有争议。在尚不能确定股权价值的情况下，原审依据原告周*提交的审计报告等证据主张的股权价值3.2555亿元确定案件诉讼标的额，并无不当。《最高人民法院关于调整高级人民法院和中级人民法院管辖第一审民商事案件标准的通知》（法发〔2015〕7号）第二条规定，当事人一方住所地不在受理法院所处省级行政辖区的，江苏省高级人民法院管辖诉讼标的额3亿元以上一审民商事案件。
案件来源：四川省成都市中级人民法院 （2021）川01民辖终157号
法院生效裁判认为，股东资格的确认实际系对股权归属的确认。股权属于综合性权利，既包含财产性权利，也包含非财产性权利。张某某诉请确认骆某某所持某科创机械公司100%的股权为其所有，双方对案涉股权价值存有争议且未能提交足以证明争议股权实际价值的相关证据。案涉《〈股权代持协议〉补充协议》约定张某某作为公司实际股东的出资额为5000万元，某科创机械公司营业执照显示的注册资本亦为5000万元。故本案应以协议约定张某某的5000万元出资额为标准，确定级别管辖。
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诉讼时效
股东资格确认纠纷不属于债权请求权的范畴，不适用三年诉讼时效。由于新《公司法》新增了股东失权制度，股东对失权有异议的，应当自接到失权通知之日起三十日内向人民法院提起诉讼。
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常见情形
结论：股东的瑕疵出资并不必然否定公司的股东资格，只会导致股东相关责任的产生。
但需要注意的是，根据《公司登记管理实施办法》第八条，存量公司需在2027年6月30日前将剩余认缴期限调整至五年内，逾期未调整可能导致股东资格受限。司法实践中需区分两种情形：对于已进行期限调整但未按期实缴的股东，其股东资格不受影响但需承担补缴责任；对于拒不调整出资期限的股东，可能触发公司除名程序。
案件来源：贵州省高级人民法院 (2017)黔民终67号
本案的争议焦点在于喻**是否虚假出资，其出资情况是否影响其股东资格。喻**一审提供了贵阳高新会计师事务所的验资报告，证实喻**已出资30万元。上诉人提出喻**伪造公司“财务专用章”及公司法人印章，私自开立银行账户出资后又抽逃出资、私自出具《股东出资证明书》，但上诉人并未提供相应证据予以证明，应承担对其不利的法律后果。且按照《公司法》规定，股东有向公司缴纳出资的义务，但是《公司法》并未规定缴纳出资是认定公司股东的唯一依据。股东的瑕疵出资并不必然否定公司的股东资格，只会导致股东相关责任的产生。喻**是否抽逃出资不在本案的审查范围内，也不影响对其股东资格的认定。
案件来源：四川省成都市青白江区人民法院(2023)川0113民初4296号
确认股东资格需从当事人是否具备成为公司股东的意思表示，结合公司章程、工商登记、股东名册、出资证明的记载内容来判断，股东实际出资与股东资格并不互为条件，股东未出资或者虚假出资并非必然丧失股东资格。……贺**否认银**的股东资格，认为银**所持有的富发公司股权仅是“挂名”，但未提交相关股权代持协议等证据予以证明，本院不予支持。如贺**或富发公司认为银**存在瑕疵出资的行为，可以依法要求银**承担出资不实的相关法律责任。
案件来源：云南省昆明市西山区人民法院 (2022)云0112民初26175号
股东未实际出资或瑕疵出资并不必然产生否定其股东资格的后果，只会导致相应法律责任的产生，故不论第三人刘**与被告或关联公司存在劳动关系、是否实际履行出资义务，不影响第三人作为被告股东身份的确认，如第三人存在损害被告公司利益的行为，应依据公司法的相关规定另行主张。
最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（三）第二十四条：
“有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无法律规定的无效情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。”
案件来源：最高人民法院（2022）最高法民终191号
对实际出资人及其相应出资权益的认定，应综合公司设立过程中各股东关于设立公司的合意、各自所持股权比例的合意以及公司成立时实际出资人的出资情况、实际出资人与名义股东之间的真实意思表示等因素判断。当事人虽将从他人处借来的款项投入公司的经营活动，但既未明确款项性质，且在投入后不久即以债务转移方式由公司实际负担清偿，该当事人主张其以借款投资并据此享有公司全部股权以及出资人权益的，人民法院不应予以支持。
案件来源：最高人民法院(2015)民二终字第96号
代持股关系应当基于委托关系形成，委托关系为双方法律行为，需双方当事人有建立委托关系的共同意思表示，签订委托合同或者代持股协议，对未签订合同但双方当事人有事实行为的，也可以依法认定存在委托代持股关系，并以此法律关系确定双方当事人的民事权利和义务。单方法律行为不能建立委托代持股份关系。本案中刘*未提交其与王*之间关于建立委托关系或者代持股关系的协议，其提交的其他证据也不能证明其与王*之间对委托关系或者代持股关系形成了共同意思表示或者其间实际形成了事实上的代持股份关系。
案件来源：最高人民法院 (2015)民二终字第96号
在司法实践中应当区分股权代持与股权冒名登记的问题。冒名股东包括以根本不存在的人的名义(死人或虚构者)出资并登记和盗用真实的人的名义出资并登记两种情形。对以根本不存在的人的名义(死人或虚构者)出资并登记的，应认定实际出资人取得股东资格，行使股东权利、承担股东义务。对盗用真实的人的名义出资并登记的，也不应当认定被盗名人为股东，被盗名人对内对外都不承担责任，因为被盗名人对此一无所知，没有成为公司股东的真实意思表示，不具备股东的任何本质特征。